Diseño in silico de aptámeros de DNA dirigidos contra el péptido B amiloide

Abstract

Esta investigación obtuvo el diseño y estudios de dos estructuras de aptámero de DNA afines a la proteína AB40, a partir de un modelamiento computacional. En primer lugar, para el estudio de las interacciones intermoleculares se utilizó el software Autodock4 el cual fue validado de acuerdo a la metodología por selección de pose, en donde se obtuvieron buenas predicciones para aptámeros hasta de 42 nucleótidos con valores de RMSD menores a 5 A. No obstante, el cálculo de energías solo fue acertado para estructuras simples y flexibles como tallos y bucles.